+Marker Data: est_smfl27d08

Crop eggplant
Population AL2010
Linkage Group E_08
Marker Type SNP
Map Position 30.5
Annotation
Source Name SmFL27D08
Source Type 16k_SmUnigene
Source Sequence
Developer NIVTS
Document

Typing_Method Tm-Shift
Marker_Class EST-misc
STS_primer_fwd CCGTGCATGAACTAAAGCAG
STS_primer_rev CAGCAGATATGATGAGTGCTTG
amplicon_seq TCAGATGATACAGTGCGATTCCTACGGTTCGTGAATTGATGTTCTTCTAGTTATTGATTATTGTCTGCTAACGTCCAAATTTACTGCTGTTAAATGGGAAGTGTACGCAGTTACATGCAACATAATTTTCCCAATTATGAATCAGTGTCGGATCTCACAGGGAATAATATTGGGACAATCAATTTAATGAGGAATTATATCACCAATTAAGCTAAGGCCAAACACTTCACTAGATTTGAATTTTAATTAAACTACTAATAAAGATCAAACTAACTAGAAAGCATATAAACCGATCGTTGGAGGCACTCTCAAGCAAAAGAAATCAAGGTACCGGGAAAATAGGGAATAAATTAACATCAAGACTAATCCATTGGATTTGGTTCCATTGGATTTGGTTAACTATCACTACTTAATTATAGGTTTAGCAATTAGCCTTAGAAATCAATTACTCAAAAGTGTTTCTCAACAATTAGTGGACTCTTGACTACCCATTGACCTTTCCTTAACAACGTAGTGAGTCCATCTTAGCTAGTTTGTCTCGAATCAAACTAAGAAGCATCAAGCACATTTAGTTTTCAGGTCACACTTTGATTCTTCCTATCCCTAGGTTAAATCTATTAGAGGAGGTTTAAAGCCCAAATAGTGTTAATTATTGATCTAGCCCTACCTCAACTTCCTCTCTGGAATTTCATTTAGGCTAATAGTGGATGTCCTAGGGTTATTCGCTTCCTTTGGAAAGAAATGATAGCACAAGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATAGCTATTGATGGTCAAAAAGTCTCTGGTTCAGATAGCTACTGATGGTCAAAAAGTTGCTAGCTAGCGCTGAGACTGGTGACTGCCACTCATGAAGAAAATAACATTTTCTACCATGAATCTCCCTCAATCATGACAAGGAAAAATGAGACGTCGTGGCATACCAGTTTTAGTGCCCATTCGGCCATATGAATATTTTTCAGAATATTTTTCATTTTTTTTTATGGAAATATTATTCTGGAAAACTATTTGGACATAAAATTGTTAAAGTATGAACTTTTGGAATTCGAAAAACTCCAAAAAGATGTTTTCACAATTTTCACTCACAAAAATTTAAAAACAACTCCAATCGGTATTCATGTGCAAACACTACTCCAATTTCCAAATGCCATTTTCAACTTTTTTCCAGATTTCACATTTTTTATGTCCAAACGCCCACTTACTGTGTCTGAATTATTTTCAGTTGTCAGCTTAACTGTATTGTAAAAATGATCTGGCTCTCACTAATTATGCCTTTGATCACATCATATCTTTCATGGAGCAGACCACCTTTATTGATATCTACTCTTCTCTTCCCGACACTTTGATGCTGTAGCACCATTGCTGTGATGACGGATGTATTCACTAAAAGAGCAAAGTTATTTTTCTTGTCTCAGTTGCCTGTATCTTATAAATCTTGACTCTCTGATTCTCAGTTGGTTGCTGTGCGAACAATCCGTGGCGAAGAGCAGATATCAATATT
SNP_position 1131
allele_1 G
allele_2 T
ASP_primer_S GCGGGCAGGGCGGCTTGGAGTAGTGTTTGCACATGAATACC
ASP_primer_L GCGGGCTTGGAGTAGTGTTTGCACATGAATACA
Common_primer CCAAAAAGATGTTTTCACAATTTTCACTCA
enzyme Stoffel frag.
dye EvaGreen

Line allele-1 allele-2
AE-P03 G G
LS1934 T T
Nakate Shinkuro T T
WCGR112-8 G G

Population Linkage Group Position
AL2010 E_08 30.5
LW2010 E_08 39.1
LWA2010 LWA_08 33.042
LWAE2012 E_08 33.878
LWF2_2022 E_08 40.9

DB Program Definition E-Value

EST Name Species Strain