+Marker Data: est_sht04i09

Crop eggplant
Population AL2010
Linkage Group E_05
Marker Type SNP
Map Position 90.4
Annotation
Source Name SHT04I09
Source Type 16k_SmUnigene
Source Sequence
Developer NIVTS
Document

Typing_Method Tm-Shift
Marker_Class EST-misc
STS_primer_fwd TCCACAATCTGAAACAGCAGGAAA
STS_primer_rev ACCAACTCCACCTTTGCCAGATAA
amplicon_seq NNATCAAGAAATTTGTGCTACTGCTCCCAAAGGACCCGACCCAGGTCACTTTTCCTGCATATTATGATTCTGTAAAGATATTTTTTTGAGCTTGTTTTTTGTTATCTTTGAGATGTTGGGTGTCAATTTTGTGACAGTAGGGTGTTGTATTGTATCCTCCCAAAACATTGCATGTTCTTGAATAATTATGGGGTGCTAAGTTTTAGGCAGATGGGGAAAATCACCTCCCCTACTTGTTTGGATTGAGGCGTAGTAGTTATTGTTGAGGAAGGAACTATCTCCCTAACTAGTTTGGAAACGAGTCATAGTTGTTGTTGAGAAGAAATCACCTAGCTTGCATCCTAGTTGTGGCCTAGTGATCAATGAAGTGGTTGGGAATCATGAGGTGTCAGGTTTAAATCTTAGCGGAGAAAAAAATACTAGGTGATGCTTCCTATCTATCCTAGTCTTGGTAGAAAGAGTTACCTGGTACCTTTTGGAGGTGTCAGATATTTCATTGATTTAGTCAAGGTGTCCGAAAGCTGGCCCAGGCATTACGATCATCAAAAAAGAAATCACCTAGCTGTTTTACTTCTGATGAATTTGAACCCTAGTCTTGAATGGTCGTCATTATAGGTTCATACCCGTGGATACTATCANGTTCTTATTTTAGTGTTTATTTTTAGTAATTGCAGCTTGCTCGTTGTTGTCTTTTGATGCCTTGAAGTCAATACATAATAATGCCANTTGAGTTTTTAAGTTCAGATTGTCACACTTTCCATGGGGGAGTGAGTAGAATCTCTTTAGGAGGATTAAAATTTTCCCAACAGTTCTCTCGTTGTGATTTACTGTATATTTTTTNGATAATATATATTAGTACTCTCTAGTCGTATATTGTCACAATGATGACCTGCGTTACATAATTTCTAAGAAAGCATAAAAACTTTCACCTGTTATTGTTAGTATGTCTATTTAAAATGATAAGAACAAAAATCTCTACGCCCCAATTAGTTTGCCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAAGTACAAGATAAGAATGACCTATCAAAAAAGGAGAGGTTAAGATAAGAATGTAGATACGTCACTGTCGGGAGCTTGCTGATCAGAAAACTAATGTTTTCCTCAGTAATTTCTATTCTTGTTTGTTATTTATGTCATTATGTTTTCTTGGTGTCCTTGGCGACAATCATGCTCATAAAGTACATAAAAGTTACAAAGAAGGGATGCTTAAATTCATTTTATCTGGAACTTACCATAATCATAACCATGTTAAAAAATTTAAACCACTAACAGAACTTTTAATAGAAAGTTCATGGAAGACATAAGCTTGGCATGTCATATGCAAACAAAAAGAGTGAGGACACAGATCTTGAAAGTGCATGTTTTACTATGATTTCTAGGATGGTAGTTTGTAGTCTGTGCATCAAGAATCCAACTTAAGAAGTTGGAGGATGTCTATTTTATTCTATTTTTCATCAAGAGTCTTCAGTGGAGGATGAGCAAAGAAAGTGAGGATCATCTTCACCACAAAAAGATGTGCTAACATTCACACTATGGAATGCCCAAAGGAAATCAAGCACCTCCCAGGCAGACACTCTCTATCTTCTGTTGGATGTTACCATTTCTAATTTTAAAACCATTATTTTGGTACCTTAATTTGATTGTATGATAATATTTTTTATCTGATGATTTCATGTAATATGGTGCAACTCATGTAATTTCTTGTATATGTGTATTGCAGCGAGCGGCAGAGGAAATATTGGGAGTTATTGACTGCATTTTCTAATGGATAATTTGTTCTAGTTTGCTAACTCCCTAGGTTCTTGAAAATTGAAATGATAAAATGGTCACTAGTGTATACGTGCCATTTTCTATGTCGTGGTAGCATTTTTATTTGTCAAGTTCTATGTTGTGGTAGCATTTTTATTTGTCAATTTATACAGTGTCCTCACTTTCTATGTTTTTGTATTTATGGTTTCATACAGACTTGGTTGCAATAGTAGAAAGACTGGCAACTGG
SNP_position 710
allele_1 A
allele_2 T
ASP_primer_S GCGGGCTGTTGTCTTTTGATGCCTTGAAGTCAT
ASP_primer_L GCGGGCAGGGCGGCTGTTGTCTTTTGATGCCTTGAAGTCAA
Common_primer CCCATGGAAAGTGTGACAATCTGAACTTA
enzyme Stoffel frag.
dye EvaGreen

Line allele-1 allele-2
AE-P03 A A
LS1934 T T
Nakate Shinkuro T T
WCGR112-8 T T

Population Linkage Group Position
AL2010 E_05 90.4
LWA2010 LWA_05 88.154
LWAE2012 E_05 86.889

DB Program Definition E-Value

EST Name Species Strain